Подготовка врачей-специалистов в клинической ординатуре осуществляется на клинических кафедрах университета в очной форме. Перечень специальностей, по которым проводится подготовка клинических ординаторов, утверждается Министерством здравоохранения и социальной защиты населения Республики Таджикистан с учетом имеющейся потребности системы здравоохранения в специалистах определенных специальностей.

В настоящее время организация и методическое обеспечение подготовки врачей-специалистов в клинической ординатуре осуществляется в соответствии с «Положением о клинической ординатуре ТГМУ имени Абуали ибни Сино», учебными программами и планом подготовки в клинической ординатуре по следующим специальностям.

Акушерство и гинекология
Анестезиология и реаниматология
Дерматовенерология
Детская неврология
Детская стоматология
Детская хирургия
Детские инфекционные болезни
Инфекционные болезни
Кардиология
Кардиохирургия
Колопроктология
Неврология
Нейрохирургия
Неонатология
Онкология
Ортодонтия
Ортопедическая стоматология
Оториноларингология
Офтальмология
Патологическая анатомия
Педиатрия
Пластическая и реконструктивная хирургия
Психиатрия и наркология
Рентгенология
Семейная медицина
Сосудистая хирургия
Судебно-медицинская экспертиза
Терапевтическая стоматология
Терапия
Торакальная хирургия
Травматология и ортопедия
Урология
Физиотерапия
Фтизиатрия
Хирургия
Челюстно-лицевая хирургия
Эндокринология

Срок обучения в клинической ординатуре по всем специальностям составляет 2 года. После окончания клинической ординатуры и успешной сдачи итоговой аттестации выдается удостоверение об окончании клинической ординатуры установленного образца.