Факультет основан в 1977 году. За прошедшие четыре десятилетия подготовлено более 2,5 тысяч квалифицированных врачей-стоматологов для здравоохранения Республики Таджикистан и зарубежных стран. Ежегодно прием на стоматологический факультет составляет 110 человек на договорной основе.

Форма обучения на факультете дневная, продолжительность обучения пять лет. Выпускники факультета получают квалификацию «врач-стоматолог». Далее они получают последипломное образование в интернатуре, по окончанию которой присваивается основная специальность «врач-стоматолог». В дальнейшем возможно обучение в клинической ординатуре по специальностям, требующим углубленной подготовки: «стоматология терапевтическая», «стоматология ортопедическая», «стоматология детского возраста», «хирургическая стоматология», «челюстно-лицевая хирургия», «ортодонтия».

Центром подготовки стоматологических кадров является университетская стоматологическая клиника – Учебно-клинический центр «Стоматология». С 2007 года УКЦ «Стоматология» действует как лечебная база трех профилирующих кафедр факультета и является научно-методическим и лечебно-консультативным центром по стоматологии.