В 1981 году при ТГМИ им. Абуали ибни Сино был создан фармацевтический факультет. Первым деканом фармацевтического факультета являлся доцент Джахонгиров А.Д., затем профессор Пашаев К.П. (1982-1984), доценты Ҳаитов И.Х. (1984-1986), Мақсудова З.Г.(1987-1995), Халифаев Д.Р. (1995-1997), доктора медицинских наук Қурбонов С.С. (1997-2005), Исупов С.Д. (2005-2008), Хакназарова М.А. (2008-2010). В 2010-2011гг. возглавлял факультет к.б.н. Холов А.К, а с 2011 по 2016 к.б.н. Холов Ё.К. С марта 2016 года его сменила на этом посту Юлдашева У.П.– кандидат медицинских наук, доцент кафедры фармакологии.

С 2016 года обучение на факультете ведётся в соответствии с новым учебным планом, по кредитно – модульной системе обучения. Качество подготовки специалистов во многом определяется набором умений и навыков, которыми они владеют. С этой целью образовательным стандартом предусмотрено проведение различных видов практики (учебной, производственной), которая проходит на базе медицинских, аптечных и фармацевтических организаций, на профильных кафедрах, на промышленных фармацевтических предприятиях, а также в Учебном, Научно-Производственном центре «Фармация», созданным при базе университета. За 35 лет существования факультета было подготовлено более 2100 фармацевтов, которые работают в настоящее время по всем регионам Республики Таджикистан. Ежегодный приём студентов на фармацевтический факультет, составляет 60-70 человек (на договорной основе).

В настоящее время в подготовке фармацевтов принимают участие 21 кафедры ТГМУ, 3 из которых являются профильными, где работают 2 академика, 5 доктора наук и 11 кандидатов наук.