В 1995 году ректор университета Ю. Б. Исхаки поручил Х. К. Ибрагимову, преподавателю кафедры истории таджикского народа создать научно-исторический музей. До этого музей функционировал в одной аудитории, как исторический уголок. В музее было создано 75 научных уголков. В 2007 году в университете произошёл пожар. В результате пожара, экспонаты исторического музея сильно пострадали. В мае 2008 года музей снова был восстановлен и обновлён до 85 уголков.
